В 1990 году, на Пасху, после 34 лет непрерывного ходатайства, храм был возвращен общине.
После ремонта, совершенного силами прихода, в октябре 1991 года, в праздник Пресвятой Богородицы Покровской, Его Преосвященство епископ Иосиф Верт, Апостольский Администратор католиков азиатской части России, вновь освятил храм.
В это же время в общине начали свою работу сестры ордена служительниц Христа в Евхаристии. Они готовят взрослых и детей к принятию церковных таинств, заботятся о внутреннем убранстве храма, занимаются подготовкой к богослужению.
Сегодня община объединяет более 400 человек разных национальностей, а также небольшие приходы, разбросанных по всей Томской области.
В начале 1990-ых годов прихожане Католического прихода г. Томска начали задумываться о создании воскресной школы.
9 апреля 1993 года гимназия была официально зарегистрирована. Учредителем гимназии является Католический приход г. Томска.
На сегодняшний день в Католической гимназии г. Томска обучаются 171 ученик. Набор в школу производится вне зависимости от национальности и вероисповедания.
В феврале 1997 в храм с паломнической миссией была доставлена чудотворная статуя Фатимской Божьей Матери. Редкие города мира становятся свидетелями такого события.
В 1994 году община отремонтировала здание бывшего католического сиротского приюта по улице Бакунина 7, и организовала приют для одиноких престарелых людей с бесплатной столовой для бездомных. Здесь свое служение совершали монахини миссионерки любви к ближнему Матери Терезы.
С 2017 по 2019 гг. из-за плохого состояния здание было реконструировано и передано общине как приходской дом. В октябре 2019 года состоялось его торжественное освящение.
Община Томской католической церкви довольно активная на сегодняшний день: ежедневно проходят службы, существуют различные молитвенные группы, работает семейный центр «Назарет», проходят экуменические мероприятия, существует свой хор и так далее.