«Следственная тюрьма НКВД» — один из первых музеев в стране, посвященных истории массовых репрессий в СССР. Основан в 1989 году. Расположен в подвальном помещении здания, в котором в 1923-1944 годах находилась внутренняя тюрьма Томского городского отдела ОГПУ-НКВД. До 2021 года Музей занимал часть помещений бывшей тюрьмы, но не имел достаточных площадей и условий для размещения обширной постоянной экспозиции. В 2022 году Фондом Памяти при участии Государственного музея истории ГУЛАГа была проведена масштабная реконструкция. Обновленный Музей получил дополнительные площади приема посетителей, в том числе людей с ограниченными возможностями и новую постоянную экспозицию. Площадь музея увеличилась в 2,5 раза. В ходе реконструкции воссозданы 9 бывших тюремных камер. Одна из них музеефицирована в первоначальном виде, в остальных размещены тематические модули, посвященные истории массовых репрессий в СССР. В музее использованы современные средства музейной репрезентации: проекционные комплексы, аудиогиды и интерактивные объекты. Особое внимание уделено наследию репрессий на территории современной Томской области — Чаинскому восстанию, Назинской трагедии, массовым арестам и расстрельным полигонам на Каштаке и в Колпашево.