Впервые в практике музейного дела РФ, в масштабах города осуществилась централизация управления и планирования, единая система учета, хранения, научного комплектования и изучения фондовых коллекций, единая финансовая и хозяйственная деятельность. К началу 2000-х годов в Таганроге сложилось крупное музейное объединение: 7 музеев и около 30 объектов музейного показа, связанных с историей города, жизнью и творчеством А.П. Чехова.
Структура музея-заповедника соответствует профильным направлениям существующих и будущих экспозиций. Литературная часть объединяет собственно Литературный музей А.П. Чехова, мемориальные отделы – «Домик Чехова» и «Лавка Чеховых», музей И.Д. Василенко, а также весь комплекс чеховских памятных мест в городе. Историческая часть – это Историко-краеведческий музей (Дворец Алфераки), музей А.А. Дурова, музей «Градостроительство и быт г. Таганрога».