Родился 26 октября 1968 года в Ленинграде (ныне — Санкт-Петербург) в семье физиков.
В 1982 году создал юношеский театр и поставил в нём несколько спектаклей. В 1986 году поступил в Красноярский государственный институт искусств на театральный факультет. После окончания института вернулся в Ленинград и закончил актёрский курс у профессора театрального училища им. Щукина Леонида Калиновского в 1992 году.
Успейте стать зрителем ярких шоу от исполнителя Сергей Алдонин! Успейте купить билеты на мероприятия как в Перми, Воронеже, Рязани, Кирове, так и в других городах уже сейчас на gorodzovet.ru.
С 1994 по 1995 годы работал в Челябинском академическом драматическом театре им. Цвиллинга. В 1995 году поступил в РАТИ—ГИТИС, в мастерскую профессора Марка Захарова, которую окончил в 2001 году, получив режиссёрский диплом с отличием.
После окончания ГИТИСа Сергей стал активно работать на телевидении. Сергей Алдонин стал главным режиссёром-постановщиком известной программы «Золотой граммофон», а также главным режиссёром «Русского радио». Сейчас Сергей продолжает параллельно с театром заниматься телевидением. В данный момент он стал одним из ведущих режиссёров телеканала «СТС», на котором он снимает сериал «Папины дочки» и развлекательно-юмористическую программу в стиле «импровизация» — «Слава Богу, ты пришёл!».
В 2004 году совместно с А. С. Леньковым возглавил актёрский курс во ВГИКе. На этом курсе он вместе со своими студентами создал спектакль «Ромео&Джульетта» на основе снов и фантазий по известной пьесе У. Шекспира.
Работы в театре:
«На бойком месте» Александра Островского;
«Мастер и Маргарита», по мотивам сюжета и черновикам романа Михаила Булгакова (лауреат конкурса в ГИТИСе, лауреат фестиваля им. В. Высоцкого, лучший режиссёрский дебют в конкурсе газеты Московский комсомолец, лауреат фестиваля «Театральная площадь»);
«Севильский цирюльник», по Пьеру Бомарше, на сцене Российского академического молодёжного театра (РАМТ) — первая постановка на московской сцене;